Die Aar entspringt im hessischen Teil des Taunus im Naturpark Rhein-Taunus. Ihre Quelle liegt im Rheingau-Taunus-Kreis nördlich des Taunussteiner Stadtteils Neuhof, gehört aber zum Gebiet des Stadtteils Orlen. Etwa 500 m westsüdwestlich befinden sich am Obergermanisch-Raetischen Limes Reste des Kastells Zugmantel.

Zunächst fließt die Aar nach Süden und dann in einer weiten Talsenke südwestwärts durch die Taunussteiner Stadtteile Neuhof und Wehen, wo sie den von Norden heranfließenden Orlenbach aufnimmt, sowie durch die Stadtteile Hahn und Bleidenstadt. Hinter Bleidenstadt erreicht der Fluss seine südlichste Stelle und wendet sich nach Nordwesten. Fortan verengt sich das Tal deutlich.

Bei Bad Schwalbach nimmt die Aar den durch die Kernstadt fließenden Nesselbach auf und erreicht dann den Bad Schwalbacher Stadtteil Adolfseck mit der Ruine der Burg Adolfseck. Hier bildet sie am Ende eines künstlichen Mäanderhals-Durchstichs den (nach Volumen) größten Wasserfall im Taunus, allerdings wird der größte Teil des Abflusses zur Energiegewinnung abgeleitet. Gleich danach kreuzt sie beim Kleinkastell Adolfseck den Limes.

Tief unter Burg Hohenstein passiert die Aar den Kernort der Gemeinde Hohenstein, um kurz darauf den linksseitigen Lahnbach (Lahner Bach) aufzunehmen. Dann wird er oberhalb des Aarbergener Ortsteils Michelbach auf etwa 3 km Länge zum Grenzfluss nach Rheinland-Pfalz und damit zum Rhein-Lahn-Kreis. Jenseits der Grenze liegt im Tal die Tierkörperbeseitigungsanstalt Sandersmühle.

Im Gemeindegebiet von Aarbergen weitet sich das enge Aartal wieder auf. Der Fluss berührt zunächst den Ortsteil Michelbach, passiert bei Kettenbach die Michelbacher Hütte und nimmt hier seinen längsten Zufluss auf, den 15,1 km langen und rechtsseitigen Aubach (früher Strinzbach), der 800 mnordwestlich der Aarquelle entspringt. Dann führt das Tal nach Hausen über Aar und zur letzten hessischen Ortschaft Rückershausen.

Die verbleibenden 14 km bis zur Mündung legt die Aar vollständig in Rheinland-Pfalz zurück. Dabei berührt sie in der Verbandsgemeinde Hahnstätten die Orte Schiesheim, Zollhaus, Hahnstätten mit einem großen Kalkwerk und -steinbruch, Oberneisen, Niederneisen und Flacht.

Mit den Ortschaften Holzheim und Freiendiez erreicht sie die Verbandsgemeinde Diez. Schließlich mündet die Aar südwestlich des Zentrums der Kernstadt von Diez beim Lahn-Flusskilometer 84 in den dort von Norden kommenden und nach Westen drehenden Rhein-Zufluss Lahn.

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